清华大学渊源自清末的“清华学堂”,可分为北京清华(1911-1937;1946-1948)、西南联大(1937-1946)、新竹清华(1956-)等三个时期。 北京清华时期(1911-1937;1946-1948)
宣统元年(1909年),清廷遂利用此预算,考选留美学生,成立了“游美学务处”及附设“肄业馆”。
宣统三年(1911年),游美学务处决定扩大肄业馆的规模职掌,因馆址位于清华园,而将之更名为“清华学堂”并开始招生,于1911年4月29日(宣统三年四月初一日)正式开学,是为清华校庆日之由来。
民国元年(1912年)5月1日,清华学堂重新开课,10月更名为“清华学校”,仍为留美预备学校性质。
民国3年(1914年),梁启超先生来校演讲,以“君子”为题。其引述易经中之“天行健,君子以自强不息”及“地势坤,君子以厚德载物”勉励同学,学校遂将“自强不息、厚德载物”采为校训。 民国14年(1925年)5月,清华学校大学部成立。成立国学研究所。
民国17年(1928年)8月,“清华学校”正式改名为“清华大学”。由罗家伦担任首任清华大学校长,而后继任者为吴南轩,但时间皆不长。此时清华学生会提出清华校长的理想人格标准:一、无党派色彩;二、学识渊博;三、人格高尚;四、确能发展清华;五、声望素著。
民国18年(1929年),正式成立研究院,分文、理、法三部;大学部第一届学生亦于是年毕业。
民国20年(1931年)10月14日,国民政府反覆斟酌物色,终于正式任命梅贻琦为清华大学校长,梅校长获得清华师生的充分支持,也开启了清华大学的黄金时代。 民国21年(1932年),增办工学院。台湾清华大学
西南联大时期(1937-1946) 民国26年(1937年),因抗战爆发,清华大学与北京大学、南开大学在长沙合组“长沙临时大学”,任命蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓三校长为临大校务委员会常务委员,共理校务。 民国27年(1938年),迁往昆明,改名“西南联合大学”,简称“西南联大”。 民国35年(1946年),西南联大结束,三校分别复员,特在昆明立碑以纪念三校在抗战八年中的艰苦合作;同年秋,清华大学复员北平,并增设农学院。 民国36年(1947年),国共内战爆发,梅校长一直续任至1948年12月,迫于时局搭机南迁,辗转赴美执掌清华基金相关事宜。
新竹清华时期(1956-)
1955年,梅校长奉召抵台,筹备设置清华大学研究院事宜,择订于新竹建校。由于台湾同美国签订了“中美合作研究原子能和平用途协定”,考虑到建立原子炉所需的沉重经费,遂让有清华基金为后盾的清华大学在台建校,成为台湾原子科学研究的先驱。同年12月,台湾地区行政机构组成“清华大学研究院筹备委员会”。
1956年1月1日,清华大学正式于台北成立筹备处,聘陈可忠为主任,正式展开筹备工作,迈出清华大学在台建校的第一步。清华原先计画在台北南港和新竹两地间择一建校。但南港腹地较小,且当时新竹县长朱盛泣积极争取,因此清华决定在新竹赤土崎建校。起初由中国石油公司提拨约40公顷(42甲)原属日本海军燃料厂的土地,但在原子炉开工后,校地已感不足,便由新竹县长朱盛泣同意再拨约33公顷(34甲)土地,加上清华自身向周边民家收购者,此时校地共约78公顷。同年7月,原子科学研究所成立,招考第一届研究生。 1956年,学校开始招生,因校舍尚未完工,故暂于台湾大学上课,至此清华大学校务在台正式运行。
1957年,清华大学的办公大楼、教职员宿舍、学生宿舍相继完工,学生从台北返回新竹上课。 学校自1955年开始原子炉的兴建工作,至1961年落成。原子炉的土木工程由校友华泰建筑师张昌华设计,装置工程由清华自行设计施工。机件装置时,由中国石油公司、台湾电力公司、台湾铝业公司分别派员操作,并得经济部联合工业研究所之协助。 1962年5月19日,梅校长病逝于台大医院后,清华校务暂由陈可忠教务长代理。夏,学校鉴于数学之重要与日俱增,台当局大专学校数学师资至为缺乏,为培植数学研究人材,充实大专数学师资,并加强原子科学研究之数学课程,增设数学研究所。1963年春,数学研究所招考第一届研究生。 1965年,学校设置数学、核工、物理、化学系所,清华的教学组织有了长足发展。
1967年,设立物理研究所博士班。
1968年,原子科学研究所化学组,亦以成立物理研究所同样情形成立化学研究所,招收第一届研究生。同年清华图书馆(红楼)启用,随后体育馆、大礼堂与新校门等相继落成。 1969年,原子科学研究所核工组改设为原子核工程研究所。
1972年,增设应用化学研究所、应用物理研究所、应用数学研究所、材料科学工程学系、工业化学研究所、工业化学系、动力机械工程学系。 1974年,增设分子生物研究所、工业工程学系及化学研究所博士班,均开始招生,并将原有所系分设三学院,即理学院、工学院及原子科学院。新竹清华已从早期仅有原子科学所的规模,扩展成为理工大学。同年6月徐校长任科学委员会主任委员,兼任校长至1975年由张明哲校长继任。 1976年,增设电机电力工程系,电子计算机中心成立。 1977年,增设电机电力工程研究所(于六十八学年度起更名电机工程研究所,电机工程学系),计算机管理决策研究所及辐射生物研究所。
1978年,增设高分子研究所。
1979年,工业化学研究所增设博士班,均于当年招生。
1980年,增设工业工程研究所,大学部增设中国语文学系;工业化学研究所、工业化学系更名为化学工程研究所、化学工程学系。新竹清华从此由理工大学迈向综合大学之路。
1981年,增设动力机械工程、材料科学工程、原子核工程研究所博士班。核子工程学系自七十年度开始招生。8月,张校长调科学委员会主任委员,本校校长由毛高文先生继任;10月,研究发展委员会成立。
1981年,学校首创长期发展委员会并制订五年发展计划,展开有系统的校园规划。隔年为鼓励教学与学术研究,设立杰出教学奖与杰出研究奖。 1982年,数学所增设博士班,大学部增设外国语文学系。
1983年3月,开始规划行政业务电脑化作业系统;8月,物理研究所、应用物理研究所合并为物理研究所;化学研究所、应用化学研究合并为化学研究所;计算机管理决策研究所、电机工程研究所增设博士班;为配合推动国防科技发展之基本需要,与中山科学院合作成立自强科学研究中心;9月,开始设置辅系;年底,为推动跨院所系的教学与研究,成立校内各研究中心,次年又相继成立原子科学技术发展中心及科仪中心。
1984年,增设人文社会学院、经济学系、分子生物研究所博士班;化学工程研究所与高分子研究所合并为化学工程研究所;与工业技术研究院合作成立材料科学中心。 1985年5月,视听中心成立;8月,增设历史研究所硕士班及工业工程研究所博士班,分子生物研究所更名为生命科学研究所,原子核工程研究所更名为核子工程研究所。
1986年8月,应用数学研究所增设博士班,原子科学研究所取消保健物理与放射化学分组以及增设语言学研究所硕士班,动机、电机两系成立双班;9月,开始实施双学位制。
1987年8月,刘兆玄继任学校校长,同时增设社会人类学研究所硕士班及原子科学研究所博士班。
1988年,成立艺术中心;8月,增设统计学研究所、经济学研究所硕士班,同时计算机管理决策研究所更名为资讯科学研究所。 1989年,将共同科目改为通识教育中心,树立台湾通识教育之典范,是为台湾高等教育发展的创举;8月,增设文学研究所硕士班、统计学研究所博士班及辐射生物研究所博士班。 1991年,新竹市政府徵收十八尖山南面约15.6公顷土地为学校用地,并在次年以16亿馀元购置为新校地,亦即仙宫校地。 1992年7月,学校增设生命科学院。
1994年,“教育部”修正通过的《大学法》中,正式规定大学校长由遴选产生,同年沉君山校长当选清华第一任遴选校长。
1995年,学校成立跨领域共通课程的学院级组织─共同教育委员会,将通识中心、体育室、军训室、艺术中心等纳入其中(2015年更名为清华学院)。
1998年成立电机资讯学院。2000年成立科技管理学院,至此清华八大学院之主要规模遂告完成。 2000年台湾积体电路制造股份有限公司挹注新台币1亿5千万元,予清华大学兴建“台积馆”;2001年旺宏电子股份有限公司捐赠新台币3亿元,予清华大学兴建“学习资源中心-旺宏馆”,继而2008年台达电子工业股份有限公司捐赠新台币2亿2千万元,予清华兴建教学大楼“台达馆”。 2006年,清华获“教育部”“迈向顶尖大学计画”新台币10亿元补助,其后并成为补助款增长幅度最大的学校。先后执掌校印的陈文村及陈力俊校长,遂以此笔经费之挹注,启动清华迈向卓越的新纪元。2006年为缩小城乡差距,率先招收偏远地区学生的“繁星计画”。 2008年,首创清华住宿学院,培育学生创新思维、互助合作的能力。
2010年,完成学生成绩改为等级制,同年11月,完成贯穿南北校园管线系统的共同管道。李伟德校友个人捐赠新台币1亿5千万元,协助兴建“绿色低碳能源教学研究大楼”。 2011年4月24日,学校庆祝创校100周年暨在台建校55周年大会隆重举行。台湾当局领导人马英九出席大会并致辞。台湾行政机构负责人吴敦义、立法机构负责人王金平等各界人士参加了校庆大会。
2013年,获颁台湾地区行政机构省品质奖,为台湾岛内大学首次获奖者。
2014年,作家王默人先生捐赠350万美元,以孳息设立“王默人周安仪文学讲座”,为清华获赠来自人文领域的最大笔捐款。11月,集结企业及校友赞助所成清华永续基金(2013年10月成立)启动投资计画,为学校首次运用捐款投资股市,以所得孳息挹注校务所需。 2016年10月15日,台湾清华大学与新竹教育大学的合并案获台当局行政机构及教育事务主管部门审核同意;11月1日台湾清华大学与新竹教育大学正式合并,原竹大附小也更名为清华大学附小。