木原均作为郡场宽的助教赴京都帝国大学农学部任教,在此期间他仍然从事小麦研究,常年奔走于札幌和京都两地。1924年4月,木原均成为农学系副教授,7月获理学博士学位。1924年9月,木原均被派往德国留学,在著名遗传学家C.E.科伦斯的研究室里从事小麦和酸模属(Rumex)的研究工作。同时,他也访问了欧洲许多著名遗传学家,包括G.孟德尔定律的其他重新发现者,还参观了布隆修道院。1927年6月木原均在归国途中又参观了摩尔根的果蝇实验室,会见了著名细胞学家E B.威尔逊。木原均回国后升任教授,担任京都大学新开设的实验遗传学讲座。从1927年下半年开始,他和同事们专心致力于小麦染色体组分析以及延迟授粉诱导一粒小麦产生单倍体的研究。特别是关于小麦属(Triticum)和山羊草属(Aegilops)的染色体组分析方面,他前后进行了20年的研究。。
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