清算机构是负责管理和执行清算的机构，各国规定不同。西方国家及部分发展中国家多指定中央银行为主管协定的银行，再由中央银行授权商业银行办理具体结算业务。中央银行主管支付协定中有关记账外汇的收支平衡，确定记账货币，开立清算账户和规定账户摆动额等，商业银行则办理协定项下的具体结算方式，如信用证的开证、付款、来证通知、审单议付、结汇转账、汇款及非贸易收付结算等。东欧国家及多数发展中国家，一般指定外汇专业银行为清算机构，既主管支付协定的执行，又兼办具体清算业务。中国的清算机构为中国人民银行。

目的

实现票据交换的电子化和自动化

类别

另外，不同国家的清算机构在经营者、业务范围等方面也有所不同：

既有私营的，也有政府或货币当局组建的；既有地方性的，也有全国范围的；既有只提供国内清算服务的，也有提供国际性清算服务的协会组织，等等。

原则

清算机构一般实行会员制度，会员必须遵守组织章程和操作规则，并需交纳会员费。在很多国家，中央银行通常作为清算机构的主要成员，直接参与清算支付活动；而在另一些国家，中央银行不直接加入清算机构组织，但对其实行监督、审计，并为金融机构提供清算服务。各国的主要清算机构通常拥有并经营支付系统，通过支付系统的运行实现清算。