根据1515年维也纳第一次代表大会的规定,斐迪南于1515年7月22日与波希米亚和匈牙利国王弗拉迪斯劳斯二世的女儿雅盖隆的安娜结婚。因此,1526年8月29日,他的妹夫,波西米亚与匈牙利的国王拉约什二世在莫哈克战役中去世后,斐迪南按照规定继承了这两个王国。1526年10月24日,波希米亚议会在赫拉德塞议长亚当的影响下,在确认遗产传统特权的条件下,选举斐迪南为波希米亚国王,并将哈布斯堡宫廷迁往布拉格。由于国会拒绝承认斐迪南为王国的世袭君主,这一成功只是局部的。
在1527年的塞廷选举中,克罗地亚贵族一致选举斐迪南一世为国王,并确认了他和他的继承人的继承权。作为王位的回报,斐迪南承诺在克罗地亚人与匈牙利王国联合时尊重克罗地亚人的历史权利、自由、法律和习俗,并保卫克罗地亚不受侵犯奥斯曼帝国入侵。 在匈牙利,拉约什的秘书尼古拉斯·奥拉胡斯(Nicolaus Olahus)加入了斐迪南的政党,但仍与斐迪南的妹妹,拉约什二世的遗孀玛丽王后保持联系。1526年12月,斐迪南在波兹松通过议会被选为匈牙利国王。匈牙利的王位成为斐迪南和特兰西瓦尼亚的总督约翰·扎波利亚之间王朝争端的主题。他们得到了匈牙利王国贵族不同派系的支持。斐迪南也得到了他的兄弟查理五世皇帝的支持。斐迪南在1527年9月的塔尔卡尔战役和1528年3月的斯齐纳战役中击败了扎波利亚。扎波利亚逃离匈牙利,向苏丹苏莱曼申请支持,此举使匈牙利成为奥斯曼帝国的附庸国。斐迪南一世
这导致了斐迪南的皇帝职业生涯中最危险的时刻,1529年,苏莱曼利用匈牙利的支持,对斐迪南的首都维也纳发动了大规模但最终没有成功的进攻,这把斐迪南送到波希米亚避难。1533年,奥斯曼帝国又一次入侵被击退(见《围攻根斯》)。那一年,费迪南德与奥斯曼人达成和平,将匈牙利分为西部的哈布斯堡地区和东部的约翰·扎波利亚领地,后者实际上是奥斯曼帝国的附庸国。
1538年,在纳格瓦拉德条约中,斐迪南诱导没有孩子的扎波利亚任命他为他的继承人。但在1540年,扎波利亚临死前有了一个儿子,约翰二世·西吉斯蒙德,他很快被议会选为国王。费迪南德因此入侵匈牙利,但摄政王弗拉特·乔治·马丁努齐(Frater George Martinuzzi)呼吁奥斯曼帝国给予保护。苏莱曼进军匈牙利(见围攻布达(1541)),不仅把斐迪南赶出匈牙利中部,还迫使斐迪南同意为他在匈牙利西部的土地进贡。
约翰二世·西吉斯蒙德也得到了他的外祖父、波兰国王西吉斯蒙德一世的支持,但在1543年,西吉斯蒙德与哈布斯堡人签订了一项条约,波兰成为中立国。奥古斯都王子与斐迪南的女儿奥地利的伊丽莎白结婚。 苏莱曼将特兰西瓦尼亚和东匈牙利皇室分给了约翰二世-西吉斯蒙德,西吉斯蒙德成为“东匈牙利王国”,由他的母亲伊莎贝拉·贾吉奥(Isabella Jagiełło)统治,马丁努齐是真正的权力掌控者。但伊莎贝拉的敌对阴谋和来自奥斯曼帝国的威胁导致马丁努齐改变主意。1549年,他同意支持斐迪南的主张,帝国军队进军特兰西瓦尼亚。在《魏森堡条约》(1551年)中,伊莎贝拉代表约翰二世·西吉斯蒙德同意放弃匈牙利国王的身份,并将王冠和王位移交给他。于是,匈牙利王室和特兰西瓦尼亚去找了斐迪南,斐迪南同意承认约翰二世·西吉斯蒙德为特兰西瓦尼亚的附庸王子,并将他的一个女儿许配给他。与此同时,马丁努齐试图让奥斯曼人高兴,即使他们派遣军队作出回应。斐迪南的将军卡斯塔尔多怀疑马丁努齐犯有叛国罪,并在斐迪南的同意下杀死了他。 由于马丁努齐此时是大主教和红衣主教,这是一个令人震惊的行为,教皇尤利乌斯三世宣布绝罚卡斯塔尔多和斐迪南。斐迪南在87篇通信中向教皇提出了对马丁努齐叛国的长期指控,得到了116名证人的支持。教皇在1555年宣布斐迪南无罪,并取消了逐出教会的禁令。 匈牙利战争仍在继续。斐迪南没能把奥斯曼帝国赶出匈牙利。1554年,斐迪南派奥吉尔·吉塞林·德布斯贝克到君士坦丁堡与苏莱曼讨论边境条约,但他没有获得成功。1556年,议会将约翰二世·西吉斯蒙德送回匈牙利东部王位,直到1570年。德布斯贝克于1556年回到君士坦丁堡,第二次尝试得到了成功。
哈布斯堡王朝的奥地利分支在奥斯曼战争中需要匈牙利的经济实力。在奥斯曼战争期间,前匈牙利王国的领土缩小了大约70%。尽管有这些巨大的领土和人口损失,规模较小、饱受战争蹂躏的匈牙利王国在经济上仍然比奥地利或波希米亚王国更为重要,即使在16世纪末也是如此。在斐迪南二世的所有王国中,耗尽的匈牙利王国依旧是他当时最大的收入来源。