东印度群岛将印度洋(南)和太平洋(北、东)分隔开,地形可分不同的两部分:涵盖苏门答腊、婆罗洲、爪哇和部分新几内亚岛的大陆棚;而西部的巴里与婆罗洲之间,东部的阿鲁(Aru)与新几内亚东部之间的岛屿则为新褶曲海底山脉。 本地区的核心是巽他台地,台地上面是浅海,台地亦称巽他陆棚(Sunda Shelf),巽他陆棚是东南亚大陆延伸的稳定地块。邻近的莎湖(Sahul)陆棚,新几内亚及其附属岛屿是这个陆棚的一部分,同样地也是澳大利亚大陆的延伸。在这核心周围,本地区的其余部分则是陆棚外缘一系列连续褶皱运动逐步形成的,更强烈和广泛的造山幕发生于中生代时期。 本地区各处散布著200多座火山,其中约70座在印度尼西亚、过去150年间曾喷发过。在4个主要冰期,陆棚地面大河奔流,当时的动物和古人类可借陆桥穿越此处。当17,000年前冰盖融解后,巽他陆棚一部分被淹没,山脉和较高的地方成了浅海浸入的岛屿或半岛。 本地区群岛地形以崎岖的山地为骨架,上覆着火山带,许多火山锥高出3,000公尺(10,000呎)。在稳定的巽他陆棚各地,山坡长期遭受风化,轮廓平缓;而不稳定地区山脉地形很不规则。有些岛屿有广阔的河口湾,而许多浅海沿岸,如苏门答腊东岸、婆罗洲西岸和南岸、新几内亚西南岸,拥有大片沼泽带,终年积水,不适人居;而爪哇中部和东部、苏门答腊北部以及小巽他群岛部分地方则因地处冲积平原且排水良好,故人口众多。 群岛的多山地形,加上充沛的年降雨量,使短小、坡降陡的河流侵蚀力强。大陆棚岛屿的河流将其侵蚀物沉积于周围浅海,迅速生成广大的氾滥平原与三角洲,这类低地上的河流漫长,如苏门答腊的穆西(Musi)河、婆罗洲的卡普阿斯(Kapuas)河与巴里托(Barito)河,以及新几内亚的塞皮克(Sepik)河与弗莱(Fly)河。介于两个陆棚之间,从深海里陡峭升起的岛屿,没有机会在深海周围产生沿海平原和三角洲,平坦的低地很有限,河流一般也都短小,坡降陡峻。
本地区土壤相当复杂。火山带的土壤及其衍生的冲积层很肥,如中爪哇和东爪哇、苏门答腊部分地区以及西里伯斯的零散地方。砖红壤产生于马来亚、婆罗洲及稳定的巽他陆棚其他岛屿,对农业而言,土壤贫瘠,有时简直无法利用。在巽他陆棚边缘的印度尼西亚大岛上,有广阔的沿海沼泽,沼泽表面积聚着枯死的植物,使原本没有利用价值的土地,具有潜在的肥力。 马六甲
东印度群岛全部位于热带,在赤道两侧各10个纬度之间,气温高,年平均27℃(80℉)。年温差在赤道上只有几度,离赤道越远,温差逐渐增大。温度变化也受到附近海洋的影响和调节。影响气候变化的因素是降水,年降雨量从苏门答腊和爪哇山地迎风坡的8,130毫米(320吋)以上,到苏拉威西西部与小巽他群岛的雨影带不足500毫米(20吋)。群岛大部分年平均2,000毫米(80吋)以上,全年均匀分布,但从中爪哇往东到全部小巽他群岛,年降雨量逐步减少而干季拉长。另一个气候变化因素是台风,每年7ㄢ1月份,从西南太平洋上向西和向北吹来20多起台风。 在大部分东印度群岛上,大雨和高温导致植物全年快速生长,种群丰富。雨水充沛地区覆被著热带长绿雨林,比较干爽的地区有半落叶季风林,包括柚木和桉树,这类森林主要呈季节性生长。其他森林类型有海滨林(红树林、水椰子、露兜)、沼泽林及山地林。有150多种棕榈,包括椰子、糖棕、西谷棕、槟榔等。竹子分布于全区。大片自然林被人类农耕反覆清除,主要孳生着白茅(Imperata cylindrica)。 东印度群岛的植物区系是世界上最丰富的,乔木、灌木和草类多达30,000种以上,属于2,500多个已鉴定的科。种群丰富是雨水充沛、生长期长、地形差异与环境复杂的结果,也是东印度群岛作为亚、澳两大陆之间的陆桥位置等作用综合形成的。两大陆动植物在群岛上发生混合。
马来群岛的动物区系也颇丰富,但大型动物不多,象、虎、犀牛、野牛、貘及猿都属于亚洲种。区系动物在巽他陆棚岛屿的分布不均匀,标志着这些岛屿在不同地质时期的联接或分离。澳大利亚的区系动物,袋鼠在新几内亚有发现,其他有袋类分布越过莎湖陆棚远达帝汶和西里伯斯岛,两岛之间的某些岛屿则有风土种如矮水牛以及小巽他群岛的科莫多岛(Komodo Island,弗洛里斯〔Flores〕岛附近)上的巨蜥。群岛也许拥有全世界最丰富的昆虫和鸟类,它们分布范围更广泛,特别引人注目的是大螯甲虫、巨蝶、羽色绚丽的极乐鸟、俊美的孔雀雉和斑斓的美冠鹦鹉。